l'histoire de mgs3:
A la fin de la seconde guerre mondiale, le monde est séparé en deux blocs: l'est et l'ouest. C'est ledébut d'une nouvelle ère, la guerre froide.
-le 16 octobre 1962.
Le président des états-unis apprend que l'union soviétique a déployé des missiles nucléaires à cuba. Le monde tremble devant l'éventualité d'une guerre nucléaire. Après plusieurs jours d'intenses négociations, les soviétiques acceptent finalement, le 28 octobre, de retirer leurs missiles du sol cubain. Une fois l'incident résolu, que l'on désignera plus tard comme 'la crise des missiles de cuba', l'humanité semble avoir encore une fois échappé à sa déstruction. Cepandant, l'accord qui avait mis fin à cette crise stipilait une condition, restée jusqu'ici secrete. Nikolai Stépanovich sokolov, un scientifique soviétique qui s'etait enfui vers l'occident, devrait être renvoyé en union soviétique. Le gouvernement américain accepta cette condition, et renvoya sokolov dans son pays natal. Les américains ne savaient encore pas que sokolov deviendrait bientôt l'inventeur d'une arme de déstruction massive. Maintenant, avec sokolov entre leurs mains, les soviétique sont prets à reprendre le développement de cette arme. Si celle-ci est achevée, ce sera le début d'une nouvelle ère terrifiante pour l'humanité.
-Août 1964. En réalisant enfin l'urgence de la situation, la CIA met en place un plan pour libérer sokolov. Dans le plus grand secret, la CIA envoie l'unité FOX, au laboratoir de recherche de sokolov, situé au sud de la grande forterresse soviétique de grozni-grad. L'unité FOX dirigée par le major zero, un ancien membre des SAS, est une unité de forces spéciales nouvelle génération qui opére à la fois comme un groupe de combat spécialiséet comme unité de services de renseignements et d'espionnage. Le mode opératoir de l'unité FOX consiste à envoyé un seul agent soutenu par contact radio en territoire ennemi pour effectuer des missions d'infiltrations en solitaire.
24 août. Un soldat plonge en piqué, semblant sorti de nulle part. Son nom de code: Naked Snake